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#norelated
* pluto simulation wiki [#z4b4690f]
この wiki は [[pluto:http://plutocode.ph.unito.it]] をベ...
注意) 2017年に作成し、2020/3/4に部分修正。今後、改良予定。
** マニュアル関係 [#r0acd73f]
1. ユーザーガイド
- (ダウンロード先) PLUTO/Doc/userguide.pdf
2. コードのマニュアル
- (on line) [[http://plutocode.ph.unito.it/Doxygen/API-Re...
- (ダウンロード先) PLUTO/Doc/Doxygen/html/index.html
3. テスト問題のマニュアル
- (on line) [[http://plutocode.ph.unito.it/Doxygen/Test_P...
- (ダウンロード先) PLUTO/Test_Problems/Doxygen/html/index...
4. ソースコードを Doxygen で html 化したもの
-http://www-x.phys.se.tmu.ac.jp/~syamada/pluto/pluto-html/
-- 本家のサイトはソースコードまでは html 化していないので...
** コード可視化 [#l509acd2]
- ビットマイスター社(https://www.bitmeister.jp)による dra...
-- https://www.bitmeister.jp/works/archives/19
-- 背景補足資料 &ref(http://www-x.phys.se.tmu.ac.jp/~syam...
-- draw.ioで開く xml ファイル
--- draw.io で xml ファイルを開いたイメージ &ref(http://...
--- xml ファイル &ref(http://www-x.phys.se.tmu.ac.jp/~sy...
** インストール方法 [#s72f4bbd]
1. ソースコードの取得
- pluto の web page ([[pluto:http://plutocode.ph.unito.it...
2. ユーザーガイドを手元に置く。
- ダウンロードしたファイルを解凍したディレクトリの中に、...
-- PLUTO/Doc/userguide.pdf
3. pyPLUTO の install
ファイルはダウンロードした場所の、Tools/pyPLUTO にある。...
python setup.py install
でインストールする。
** 基本動作 [#vc605ee7]
- [[main.c>./main]]
-- プログラムのフローを管理
- コンパイルの設定
-- $PLUTO/Config
--- Darwin.gcc.defs : mac 用のコンパイルの設定
--- Darwin.mpicc.defs : mac 用の MPI のコンパイルの設定
** 簡単な例 [#jc5e9cfa]
- ケルビン-ヘルムホルツ不安定性 (pluto の example にあるR...
-- [[PLUTO/Test_Problems/RMHD/KHのプロット方法の解説ペー...
-- サンプル動画 &ref(http://www-x.phys.se.tmu.ac.jp/~syam...
- ケルビン-ヘルムホルツ不安定性 (HDで粘性入り。自作例)
-- [[pluto によるケルビン-ヘルムホルツ不安定性のシミュレ...
- Lock exchange (HDで重力入り。自作例)
-- [[pluto による Lock exchange のシミュレーションの例>./...
- Blast wave の例
-- [[Test_Problems/HD/Blast/run01 の改良版の解説ページ>./...
-- 計算結果の動画 &ref(http://www-x.phys.se.tmu.ac.jp/~sy...
-- 使い方の簡単な解説資料 &ref(http://www-x.phys.se.tmu.a...
** 応用例 [#pbe17a54]
- [[Cyg X-1 の星風シミュレーション >./cygx-1]]
-- 参考動画 &ref(http://www-x.phys.se.tmu.ac.jp/~syamada/...
* 流体シミュレーションの基礎 [#we11e6af]
** 流体計算の基礎 [#x6188dc2]
- [[https://www.amazon.co.jp/流体力学の数値計算法-藤井-孝...
-- 流体力学の数値計算法 単行本 – 1994/4 藤井 孝蔵
-- 特に６章は現在使われているMHDスキームの基礎が書かれて...
** 流体シミュレーション [#m2b619f8]
-
** 相対論的流体シミュレーション [#nf6371b5]
- 水田氏の解説資料
-- &ref(./upload1/Mizuta_lecture1_euc_v2.pdf);
-- &ref(./upload1/Mizuta_lecture2_euc_v4.pdf);
-- &ref(./upload1/Mizuta_lecture3_euc_v1.pdf);
** 磁気流体シミュレーション [#jc88d4dc]
- [[http://www.astro.phys.s.chiba-u.ac.jp/cans/doc/rieman...
-- 磁気流体力学方程式に対する近似リーマン解法 三好隆博（...
-- cans+のドキュメント。よく使われている「近似リーマン解...
- [[http://www.icehap.chiba-u.jp/activity/SS2016/textbook...
-- サマースクールの資料は講義用のファイル。見ればわかるか...
-- ただ、110ページ目以降にあるフローチャートを見て、計算...
* 描画ツール [#s9320784]
** matplotlib [#a8768ab1]
- [[http://matplotlib.org:http://matplotlib.org:]] MATLAB...
- 2次元の描画はこれが一番簡単
- インストール方法
-- 一番の定番 anaconda [[https://store.continuum.io/cshop...
** Visit [#n646abbe]
- [[https://wci.llnl.gov/simulation/computer-codes/visit/...
- 3次元の描画ツールの定番。内部的にはVTK([[http://www.vtk...
- 自分で３次元データをプロットする場合には、フォーマット...
** mayavi [#lada96f1]
- [[http://www.turbare.net/transl/scipy-lecture-notes/pac...
- 3次元の描画ツールの python ラッパー。これも内部的にはVT...
- numpy の 3D array で、特にヘッダー情報なしでプロットで...
* この wiki について [#a34017c1]
- 管理者
-- 首都大学東京(==>立教大学) 山田真也
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* pluto simulation wiki [#z4b4690f]
この wiki は [[pluto:http://plutocode.ph.unito.it]] をベ...
注意) 2017年に作成し、2020/3/4に部分修正。今後、改良予定。
** マニュアル関係 [#r0acd73f]
1. ユーザーガイド
- (ダウンロード先) PLUTO/Doc/userguide.pdf
2. コードのマニュアル
- (on line) [[http://plutocode.ph.unito.it/Doxygen/API-Re...
- (ダウンロード先) PLUTO/Doc/Doxygen/html/index.html
3. テスト問題のマニュアル
- (on line) [[http://plutocode.ph.unito.it/Doxygen/Test_P...
- (ダウンロード先) PLUTO/Test_Problems/Doxygen/html/index...
4. ソースコードを Doxygen で html 化したもの
-http://www-x.phys.se.tmu.ac.jp/~syamada/pluto/pluto-html/
-- 本家のサイトはソースコードまでは html 化していないので...
** コード可視化 [#l509acd2]
- ビットマイスター社(https://www.bitmeister.jp)による dra...
-- https://www.bitmeister.jp/works/archives/19
-- 背景補足資料 &ref(http://www-x.phys.se.tmu.ac.jp/~syam...
-- draw.ioで開く xml ファイル
--- draw.io で xml ファイルを開いたイメージ &ref(http://...
--- xml ファイル &ref(http://www-x.phys.se.tmu.ac.jp/~sy...
** インストール方法 [#s72f4bbd]
1. ソースコードの取得
- pluto の web page ([[pluto:http://plutocode.ph.unito.it...
2. ユーザーガイドを手元に置く。
- ダウンロードしたファイルを解凍したディレクトリの中に、...
-- PLUTO/Doc/userguide.pdf
3. pyPLUTO の install
ファイルはダウンロードした場所の、Tools/pyPLUTO にある。...
python setup.py install
でインストールする。
** 基本動作 [#vc605ee7]
- [[main.c>./main]]
-- プログラムのフローを管理
- コンパイルの設定
-- $PLUTO/Config
--- Darwin.gcc.defs : mac 用のコンパイルの設定
--- Darwin.mpicc.defs : mac 用の MPI のコンパイルの設定
** 簡単な例 [#jc5e9cfa]
- ケルビン-ヘルムホルツ不安定性 (pluto の example にあるR...
-- [[PLUTO/Test_Problems/RMHD/KHのプロット方法の解説ペー...
-- サンプル動画 &ref(http://www-x.phys.se.tmu.ac.jp/~syam...
- ケルビン-ヘルムホルツ不安定性 (HDで粘性入り。自作例)
-- [[pluto によるケルビン-ヘルムホルツ不安定性のシミュレ...
- Lock exchange (HDで重力入り。自作例)
-- [[pluto による Lock exchange のシミュレーションの例>./...
- Blast wave の例
-- [[Test_Problems/HD/Blast/run01 の改良版の解説ページ>./...
-- 計算結果の動画 &ref(http://www-x.phys.se.tmu.ac.jp/~sy...
-- 使い方の簡単な解説資料 &ref(http://www-x.phys.se.tmu.a...
** 応用例 [#pbe17a54]
- [[Cyg X-1 の星風シミュレーション >./cygx-1]]
-- 参考動画 &ref(http://www-x.phys.se.tmu.ac.jp/~syamada/...
* 流体シミュレーションの基礎 [#we11e6af]
** 流体計算の基礎 [#x6188dc2]
- [[https://www.amazon.co.jp/流体力学の数値計算法-藤井-孝...
-- 流体力学の数値計算法 単行本 – 1994/4 藤井 孝蔵
-- 特に６章は現在使われているMHDスキームの基礎が書かれて...
** 流体シミュレーション [#m2b619f8]
-
** 相対論的流体シミュレーション [#nf6371b5]
- 水田氏の解説資料
-- &ref(./upload1/Mizuta_lecture1_euc_v2.pdf);
-- &ref(./upload1/Mizuta_lecture2_euc_v4.pdf);
-- &ref(./upload1/Mizuta_lecture3_euc_v1.pdf);
** 磁気流体シミュレーション [#jc88d4dc]
- [[http://www.astro.phys.s.chiba-u.ac.jp/cans/doc/rieman...
-- 磁気流体力学方程式に対する近似リーマン解法 三好隆博（...
-- cans+のドキュメント。よく使われている「近似リーマン解...
- [[http://www.icehap.chiba-u.jp/activity/SS2016/textbook...
-- サマースクールの資料は講義用のファイル。見ればわかるか...
-- ただ、110ページ目以降にあるフローチャートを見て、計算...
* 描画ツール [#s9320784]
** matplotlib [#a8768ab1]
- [[http://matplotlib.org:http://matplotlib.org:]] MATLAB...
- 2次元の描画はこれが一番簡単
- インストール方法
-- 一番の定番 anaconda [[https://store.continuum.io/cshop...
** Visit [#n646abbe]
- [[https://wci.llnl.gov/simulation/computer-codes/visit/...
- 3次元の描画ツールの定番。内部的にはVTK([[http://www.vtk...
- 自分で３次元データをプロットする場合には、フォーマット...
** mayavi [#lada96f1]
- [[http://www.turbare.net/transl/scipy-lecture-notes/pac...
- 3次元の描画ツールの python ラッパー。これも内部的にはVT...
- numpy の 3D array で、特にヘッダー情報なしでプロットで...
* この wiki について [#a34017c1]
- 管理者
-- 首都大学東京(==>立教大学) 山田真也
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